目前，大多數火力發電廠脫硫系統設置了增壓風機，用來克服吸收塔及煙道阻力。機組剛啟動或投油運行期間，退出脫硫系統，煙氣經由旁路進煙囪。正常運行時，啟動增壓風機，關閉旁路，系統進行脫硫。
近兩三年發電機組流行煙塔合一，即煙囪和涼水塔合并為一，常取消增壓風機，由于引風機選型較大，可以克服脫硫系統阻力，方便運行，也就不存在下面所說的問題了。在《火電廠煙氣脫硫工程調整試運及驗收評定規程》編制時，由于自己視野所限，認為“整套啟動的標志是增壓風機開始運行，煙氣進入脫硫裝置開始脫硫。"
在低負荷下引風機與增壓風機串聯運行，由于風機偏離了工作點，使用效率很低，造成了能源浪費。如果設置脫硫增壓風機旁路，則可打開旁路，停運增壓風機，適度調整引風機，煙氣經增壓風機旁路進入吸收塔進行脫硫，達到節能和減排二氧化硫的目的。