食品果蔬臭氧發生器在食品工業中的應用主要有三個方面：一是殺滅微生物、消毒滅菌；二是分解有機、無機污染物—除臭；三是分解蔬菜水果代謝產物，延長成熟過程—保鮮。
食品果蔬臭氧發生器產生臭氧為氣體消毒劑，其殺菌過程為強氧化作用使微生物細胞中的多種成分產生反應，從而產生不可逆轉的變化而死亡。一般認為，臭氧滅活病毒是通過直接破壞其核糖核酸（RNA）或脫氧核糖核酸（DNA）物質完成的。而殺滅細菌、霉菌類微生物則是臭氧首先作用于細胞膜，使膜構成成分受損傷，導致新陳代謝障礙并抑制其生長，臭氧繼續滲透破壞膜內組織，直至殺死。濕度增加提高殺滅率，是由于高濕度下細胞膜膨脹變薄，其組織容易被臭氧破壞。
除臭凈化
臭氧去除異味性能*，依靠其強氧化性能可快速分解產生臭味及其它氣味的有機或無機物質。臭味的主要成分是胺R3N、硫化氫H2S、甲硫醇CH3SH等。臭氧對其氧化分解，生成物沒有氣味。
保鮮
臭氧在蔬菜水果貯藏中的應用除了具有殺滅或抑制霉菌生長防止腐爛作用之外，還具有防止老化保鮮作用。其機理是臭氧可以分解果蔬生理代謝作用呼吸出的催熟劑—乙烯氣體。
基于上述優點，臭氧被廣泛用于食品加工車間、肉食、魚類倉庫的空氣消毒除臭；水果、蔬菜的倉庫的防腐保鮮等。
另外在制糖工業中的脫色純化、食油的精制與除味、釀酒工業中酵母的防腐以及食品飲料包裝容器
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