微波殺菌機是利用了電磁場的熱效應和生物效應的共同作用的結果。
微波殺菌機對細菌的熱效應是使蛋白質變化，使細菌失去營養，繁殖和生存的條件而死亡。微波對細菌的生物效應是微波電場改變細胞膜斷面的電位分布，影響細胞膜周圍電子和離子濃度，從而改變細胞膜的通透性能，細菌因此營養不良，不能正常新陳代謝，細胞結構功能紊亂，生長發育受到抑制而死亡。此外，微波能使細菌正常生長和穩定遺傳繁殖的核酸RNA和脫氧核糖核酸DNA，是由若干氫鍵松弛，斷裂和重組，從而誘發遺傳基因突變，或染色體畸變甚至斷裂。
微波殺菌機特點：
1.干燥、殺菌時間短，產品的香味濃厚；
2.干燥、殺菌溫度低、均勻，產品的色澤亮麗；
3.選擇性加熱。因為水分子對微波吸收，所以含水量高的部分，吸收微波功率多于含水量較低的部分。這就是選擇性加熱的特點，利用這一特點可以做到均勻加熱和均勻干燥；
4.干燥脫水的水氣方向由內到外。所以，微波干燥具有膨化作用，對后續的粉碎大有幫助；
5.微波殺菌機節能。微波是直接對物料進行作用，因而沒有額外的熱能損失，爐內的空氣與相應的容器都不會發熱，所以熱效率*，生產環境也明顯改善，與遠紅外加熱相比可節電30％。
6.微波殺菌機易于控制，工藝*。與常規方法比較，設備即開即用；沒有熱慣性，操作靈活方便。
實踐證明：利用微波可以在較短的時間內，或在較低的溫度下，在物料的內部和表面同時得到常規方法難以達到的殺蟲或殺菌效果。 國外在微波殺蟲方面進行了大量的研究，實踐證明當農產品本身溫度達到55℃-60℃時，其成蟲、幼蟲、蛹和蟲卵已全部殺滅。
