磁力攪拌反應釜釜體表面選擇合適的清理方法是非常重要的，常規方法有：超聲波清洗法、酸性清洗法、機械清理、溶劑清洗。但是無論選擇哪種方法，都不是的。例如溶劑清洗不能清洗腐蝕產物，蒸汽去油不能清洗無機型污物，也不能清洗樹脂型污物。
磁力攪拌反應釜具有運轉平穩、噪音小、操作方便等特點,是實驗室進行各種化學反應的理想裝置。該產品適用于進行化學、化工反應時,需要同時測定溫度,添加惰性氣體,壓力,PH值,電導,氧化還原電位的精密化學合成反應的實驗。清理時必須了解污染物的類別，有針對的選用合適的清洗方法。選用的清洗方法，不得損傷釜體釜蓋的密封面，防止造成設備使用不良。如被清洗的釜體過大不能放入超聲波槽中進行清洗。
超聲波清洗法是利用超聲波的機械振動的強大穿透性，去除磁力反應釜內部的油污等污染物，該方法經常是與溶劑配合使用，可以提果，減少清洗時間，該方法要考慮清洗部件是否內浸入超聲波清洗槽中，特別適合于容積較小的磁力反應釜。
酸性清洗法主要適用于清理磁力反應釜內壁的腐蝕物質。酸性清洗法，要特別注意的是酸洗可能會對諸如奧氏體不銹鋼等材質發生氫脆，在酸洗后要立刻進行去氫處理，就是在200度左右的條件下烘3小時。還要控制酸洗時間，避免酸腐蝕釜壁，酸洗后進行中和處理，在流動的水中進行*清洗。
溶劑去除法：通常采用酒精、丙酮或汽油、三氯乙烯等溶劑進行對不容易去除的油脂、油膜、蠟、膠、油漆及一些普通有機污染物。溶劑去除法不適合于去銹、氧化皮及一些無機物質。對于鈦及鈦合金制磁力反應釜而言，要特別注意溶劑中鹵素的含量，避免使用過程中發生腐蝕，*其中鹵素含量于1%。